干这行十五年，头发掉了一半，坑也踩了无数。今天不整那些虚头巴脑的学术词汇，咱就聊聊大家最关心的geo数据基 ilmn 测序。很多人一听这个就头大，觉得高大上，其实剥开那层皮，全是钱和数据的博弈。

先说价格。别去官网看那些标准报价，那是给外企看的。咱们国内做科研的，尤其是学生党或者小老板，得知道底价。illumina的平台，比如NovaSeq 6000，现在行情大概在多少？如果是做全基因组重测序，WGS，大概100X深度，单样本成本得控制在800到1200块左右。要是超过这个数，你大概率是被当猪宰了。当然，样本量越大，单价越低。你要是只跑两个样本，那不好意思，起步价可能直接飙到两千五往上。这就是行规，别怪商家黑心，人家机器开一次也是钱。

再说说最常见的坑。很多人问我，为啥我做的geo数据基 ilmn 数据，质控通过率那么低？其实大部分时候，不是平台不行，是样品不行。DNA降解了，或者RNA提取的时候污染了。我见过太多客户，拿着那种提取了一周都没测的样品送过来，结果数据一出来，GC含量异常，覆盖度不均。这时候你再去找测序公司理论，人家只会甩给你一份QC报告，说你的样品不符合要求。所以，送样前，一定要自己跑个胶，或者用Qubit测个浓度，别光看NanoDrop那个吸光度，那玩意儿不准，蛋白质污染也能让你看着浓度挺高，其实全是垃圾。

还有，选平台也很关键。很多人为了省钱，非要选HiSeq 3000或者4000，觉得便宜。但你要知道，这些老机器现在维护成本高，故障率也不低。一旦机器出问题，你的样品就得排队等，这一等就是半个月。对于急着发文章的人来说，时间就是金钱。现在主流还是NovaSeq 6000，通量高，速度快，数据质量也稳。虽然单价稍微贵一点点，但考虑到时间成本和数据质量，这笔账算下来，其实是划算的。

另外，别忽视生物信息分析的费用。很多测序公司报低价，是为了吸引你，然后在生信分析这块加收高额费用。你要提前问清楚，包含哪些分析内容。是只做基本的比对和变异检测，还是要做差异表达、GO富集、KEGG通路分析？如果是做geo数据基 ilmn 相关的差异分析，那必须得包含这些高级分析。不然你拿到一堆bam文件，自己根本搞不定，最后还得花钱找第三方做，两头受气。

再提一个容易被忽略的点，就是数据交付格式。一定要要求提供fastq原始数据，并且要双端测序的数据都给你。有些公司为了省事，只给你提供经过初步过滤的数据，或者只给单端数据。这对你后续的分析会有很大影响。特别是做转录组测序，双端数据能大大提高比对率，减少假阳性。

最后，跟服务商沟通的时候，别太客气。你要表现出你很懂行，知道行情，知道技术细节。这样他们才不敢在你身上乱加价，也不敢在数据质量上偷工减料。毕竟，咱们做科研的，靠的就是数据说话。

总之，做geo数据基 ilmn 测序，水很深，但也别怕。只要你自己心里有数，把控好样品质量，选对平台，谈好价格，还是能拿到高质量数据的。别盲目相信广告，多问问同行，多对比几家，总能找到靠谱的服务商。希望这些大实话，能帮大家在科研路上少踩点坑，早点发文章。